Single-cell data analysis workshop

understanding gene signatures with amyotrophic lateral sclerosis disease (ALS)　
筋萎縮性側索硬化症（ALS）における遺伝子シグネチャの理解

Single-cell data analysis can be complex. In this data analysis workshop, we will use mouse amyotrophic lateral sclerosis (ALS) spinal cord datasets with SOD1G93A mutation to walk through the single-cell data analysis journey including raw data preprocessing, sample quality control, batch correction and integration, automatic cell annotation, multi-sample abundance and differential expression analyses, and cell-cell interaction analysis.

We will use 10x cloud analysis, a web-based application that runs Cell Ranger to process raw sequencing data. In addition to raw sequencing data processing, we will also use the 10x cloud for both integration and batch correction. In the subsequent downstream analyses, we will use multiple tools/software, developed by 10x and the community, and get familiarized with their algorithms. After these analysis steps, we can find cell-type specific gene signatures and cell states associated with ALS disease. This workshop is tailored to users beginning their journey in single-cell data analysis.

本ワークショップは英語で実施されます。

注意事項

• 本ワークショップは、現地開催のみとなり、インターネット配信は行いません。
• セッションは英語で実施されます。

参加人数

• 30名
• 定員になり次第締め切りとさせていただきますので、お早めにお申込ください。

開催概要

• 日時：　2026年6月2日（火） 13:00～17:30
• 会場：　東京秋葉原 （詳細は登録後に改めてご案内いたします）

プログラム

参加要件

このコースは、10xシングルセル遺伝子発現解析をご利用の方を対象としています。Loupe Browserが動作するノートパソコンをご持参ください。ワークショップに参加する前に、以下の準備事項を必ず完了させておいてください。

1. 10x Cloudでアカウントを作成してください。10x Cloudアカウント作成の詳細な手順については、 こちらをご覧ください。
2. Google Colabを利用できるように、Googleアカウントを作成してください。
3. ノートパソコンにLoupe Browserをインストールしてください。

Loupe Browserのダウンロードとインストールはこちら

Loupe Browser実行のための必要条件:

講師

Quy Xiao Xuan Lin, PhD

Staff Scientist, Applied Bioinformatics
10x Genomics