Xenium data analysis workshop

Xenium tissue microarray data analysis with scverse
scverse を用いた Xenium 組織マイクロアレイデータの解析

This workshop will cover in-depth analyses of Xenium data. First, we will understand Xenium technology, including Xenium decoding, Xenium Analyzer, and multi-modal cell segmentation. Then, we will learn how to evaluate Xenium data quality and use Xenium Explorer to visualize Xenium data. We will become familiar with third-party tools, primarily scverse tools, and utilize them to perform integrative analyses of Xenium data from multiple tissues, including tissue microarrays (TMA). The analyses include the loading of Xenium data and H&E image, separation of Xenium data for each sample in TMA, multi-sample integration analysis with batch correction, cell annotation, differential abundance analysis, multi-sample differential expression analysis, and conversion of each sample data to Xenium Explorer files. This workshop is tailored to users beginning their journey in Xenium data analysis.

本ワークショップは英語で実施されます。

注意事項

• 本ワークショップは、現地開催のみとなり、インターネット配信は行いません。
• セッションは英語で実施されます。
  

参加人数

• 30名
• 定員になり次第締め切りとさせていただきますので、お早めにお申込ください。

開催概要

日時：　2026年6月3日（水） 13:00～17:30
会場：　東京秋葉原 （詳細は登録後に改めてご案内いたします）

プログラム

参加要件

このコースは、10x Xenium ユーザーを対象としています。Xenium Explorer を実行できるノートパソコンをご持参ください。

また、Google Colabを利用するため、Googleアカウントが必要です。

10x Xenium Explorerのダウンロードとインストールはこちら

10x Xenium Explorerの必要条件:

講師

Quy Xiao Xuan Lin, PhD

Staff Scientist, Applied Bioinformatics
10x Genomics