10x Genomics

Visium HDデータ解析ワークショップ
東京

今回のデータ解析ワークショップでは10x Genomicsが提供するVisium HDにフォーカスして行います。Visium HDのテクノロジーからデータ解析の流れ、データ品質評価、サードウェアソフトウェアを使用したデータ解析までをご案内します。講義は全て英語で行います。

This workshop will cover in-depth data analysis of Visium HD. We will start the processing of Visium HD image and sequencing data using Space Ranger in 10x Cloud. From there, we will assess data quality using web summary and then introduce Loupe Browser for Visium HD data visualization. We will also use third-party tools to walk through Visium HD downstream analyses, mainly highlighting Visium HD cell segmentation analysis and multi-sample integration analysis.　

注意事項

• 本ワークショップは、現地開催のみとなり、インターネット配信は行いません。
• セッションは英語で実施されます。

参加人数

• 30名
• 定員になり次第締め切りとさせていただきますので、お早めにお申込ください。

日時

• 2025年12月4日（木）13:00-18:00

会場

• 東京秋葉原周辺
• 場所の詳細は後日参加者にメールでご連絡差し上げます。この連絡には少し時間がかかることをご承知ください。

プログラム

• 12:30 受付
• 13:00 イントロダクション
• 13:15 10x CloudデータにおけるVisium HDデータの前処理
• 14:10 休憩
• 14:20 Visium HDデータの品質評価
• 14:40 Loupe Browserソフトウェア
• 15:00 HD下流解析
• 15:30 休憩
• 15:40 Visium HD単一サンプルの解析
• 16:30 休憩
• 16:40 Visium HD複数サンプルの統合
• 17:40 Q&A
• 18:00 終了

参加要件

このワークショップは10x ユーザーを対象としています。

• ご自身のコンピューターを持参してください。
• 事前にGoogleアカウントの所有が必要です。ご自身のコンピューターでGoogleアカウントが使用できるようにしてください。サードパーティソフトウェアの実行にはGoogle Colabを使用します。
  
• 事前にLoupe Browserソフトウェアをインストールする必要があります（Loupe Browserのインストールリンクおよびハードウェア要件は以下に記載されています）。

Loupe Browserのダウンロードとインストール手順.

Loupe Browserの動作に必要なPC要件:

講師

Quy Xiao Xuan Lin, PhD

Staff Scientist, Applied Bioinformatics
10x Genomics