Chromium Controller によるシングルセル情報解析の実際

10x Genomicsの Chromium Controller はシングルセル解析のデファクトスタンダードなプラットフォームとして広く用いられている。Chromiumを用いれば、遺伝子発現の網羅的解析だけでなく、免疫細胞の抗原特異性を決める免疫レパトア、オープンクロマチン領域の網羅的解析手法であるATAC-Seqや細胞表面タンパク質を同定するCITE-Seqなど、シングルセルの多様な情報を取得できる。

また、10x Genomicsが配布しているLoupe Browserは軽量で使いやすいGUIが採用されており、非専門家でも多様な解析が可能である。しかし、目的によってはどうしてもそれだけでは不十分な場合や、もう少し痒い所に手が届く解析を行いたい場合もある。特に、複数の検体を合わせて解析する際に気をつけたいBatch effectや、マイナーな細胞集団の同定には手を焼くことも多い。KOTAIバイオテクノロジーズではこれまで主として腫瘍免疫学の検体を題材に、様々な手法を駆使して解析を行ってきた。

本ウェビナーでは、KOTAIバイオテクノロジーズで実際に行った解析例の中から、主として一般にアクセスしやすい解析パイプラインを用いたものを取り上げ、明日からそのまま使える解析手法を紹介したい。